Během druhé světové války – a ostatně ani před ní – Japonci nerozlišovali židy od nežidů. Byli to pro ně cizinci ze Západu, stejně jako Američané nebo Rusové. I když se ve třicátých letech Japonsko diplomaticky sblížilo s Německem a nakupovalo jeho zbraně, protižidovská rétorika se zde neujala. Japonci sice také věřili ve svou nadřazenost, ale západní hudba zde byla velmi populární. Polský žid Joseph Rosenstock v Japonsku založil a řídil filharmonii a nahrávací společnost odmítla německé požadavky, aby se přestaly prodávat desky židovských skladatelů a hudebníků.

Po vypuknutí války japonští vojáci mučili a vraždili Číňany, Korejce, Brity, Američany, Holanďany, Francouze i Filipínce, ale židovští uprchlíci byli v Japonsku před masakry bezpečni.

Když v roce 1940 Japonsko uzavřelo spojenectví s Německem, pozval tehdejší ministr zahraničí Macuoka Josuke židovské obchodníky na novoroční oslavu, kde je informoval, že spojenectví Japonska s Hitlerem nezahrnuje slib provádění protižidovských opatření. Japonsko pak vskutku opakovaně odmítlo německý požadavek likvidace židovské uprchlické komunity v Šanghaji.

Mezi ty, kdo se o záchranu židovských utečenců zasloužili nejvíce, patřil Čiune Sugihara, vzpurný potomek starého samurajského rodu.

Tvrdohlavost a soucit se slabými a pronásledovanými se Čiunemu Sugiharovi několikrát nevyplatily, ale nakonec se právě díky těmto vlastnostem zapsal do dějin.

Navzdory přání rodiny, aby se stal lékařem, se mladý Sugihara rozhodl studovat anglickou literaturu na západně orientované univerzitě Waseda. Otec ho za to sice vydědil, ale Čiune získla stipendium japonského ministerstva zahraničních věcí na studium ruštiny a němčiny v Mandžusku, které v té době bylo pod japonskou nadvládou a kde žila početná ruská menšina. Během studia sugihara konvertoval k ruské ortodoxní církvi a oženil se s Klaudií Semjonovnou Apollonovovou. Po studiích se stal zástupcem konzula v Madžusku a když velmi úspěšně vedl vyjednávání o koupi ruské železnice pro Mandžusko, začala se jeho kariéra slibně rozvíjet.

Když Japonsko začalo usilovat o vládu nad Čínou, vzdal se Sugihara, na protest proti krutostem páchaným japonskými vojáky na čínských civilistech, konzulského místa v Mandžusku. Po návratu do Japonska se rozvedl, znovu se oženil s Jukiko Kikuči a odjel na diplomatickou misi do Helsinek. V roce  1939 byl pověřen otevřením nového konzulátu v Litvě.  V té době se místní židovská komunita snažila zabezpečit ubytování, jídlo a další nezbytnosti pro patnáct tisíc uprchlíků z Polska, kteří měli za sebou děsivé zážitky: v Čenstochové nacisté vyhnali z domu přes sto židů a na ulici je postříleli. V Mielci vysvlékli pětatřicet židovských mužů do naha a upálili je. Během návštěvy Josepha Goebbelse v Lodži masakrovali příslušníci SS civilisty v židovské čtvrti. Nacističtí vojáci trhali nebo podpalovali vousy židovských mužů, nutili židy čistit latríny modlitebními šály. V Cisně přiměli tamní židy, aby na tržišti zapálili svitky Tóry a svatých knih, tančili kolem nich a zpívali „jsme šťastní, že ta špína hoří.“

Také Litva však už byla v obklíčení a nikdo nepochyboval, že ani zde nebude dlouho bezpečno. Na jaře roku 1940 začala sovětská vláda prohlašovat, že Litevci překračují hranice, obtěžují a zajímají vojáky Rudé armády. Vječeslav Molotov, sovětský ministr zahraničí, oznámil, že „litevský osud ohrozili jeho vlastní provokatéři.“ V červnu pak „v sebeobraně“ Sovětský svaz obsadil  Litvu.  (Během následných čistek, které přetrvaly do července 1941, kdy se země zmocnili nacisté, bylo zavražděno, deportováno nebo beze stopy zmizelo pětasedmdesát tisíc Litevců včetně dětí.)  Diplomatické mise byly uzavřeny a diplomaté dostali dvacet dnů na to, aby se vrátili domů.  Sugihara, před jehož konzulátem denně stály dlouhé fronty, požádal o prodloužení lhůty.

Židé věřili, že se z Japonska dostanou do Spojených států nebo do Šanghaje. Sugihara jim vydával stovky víz včetně rodinných, na která mohl cestovat muž s manželkou i dětmi. Poslal sice formální dotaz na japonské ministerstvo zahraničí, v němž uvedl, že denně stojí před konzulátem stovky Židů a žádají víza, ale nečekal na odpověď a vydával víza dál. Když přišel telegram, zakazující vydávání víz komukoli, kdo neprokáže, že z Japonska vycestuje, rozhodl se nařízení ignorovat a víza vystavoval dál. Vydal tak cestovní povolení i pro všech tři sta studentů ješivy z Miru, kteří pak docestovali do Kóbe a školu znovu založili tam.

Během osvobození pracoval Čiune Sugihara jako japonský konzul v Bukurešti. Když Rudá armáda osvobodila Rumunsko, Sugiharu i s manželkou, čtyřmi syny a všemi zaměstnanci konzulátu na osmnáct měsíců uvěznila v zajateckém táboře. Po návratu do Tokia byl Sugihara vyzván k rezignaci.